28 сентября 2013 г., на следующий день после подписания Президентом РФ В. В. Путиным федерального закона №253-ФЗ «О Российской академии наук, реорганизации государственных академий и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации», на встрече ученых РАН с депутатами в Новопушкинском сквере академик РАН В.А. Рубаков объявил о решении оргкомитета Конференции научных работников РАН создать комиссию по общественному контролю за преобразованиями в институтах Российской академии наук.
 
8 октября 2013 г. в Москве, в Институте проблем передачи информации РАН состоялось собрание представителей научных сообществ, разделяющих общие цели развития науки в России. На приглашение оргкомитета откликнулись: Конференция научных работников РАН, Клуб «1 июля», Профсоюз работников РАН, Совет молодых ученых РАН, Общество научных работников, Общественный совет и Совет по науке при Минобрнауки РФ, Санкт-Петербургский союз ученых, Российский координационный комитет профсоюзных организаций научных учреждений «РКК–НАУКА», Общественное движение «Сохраним науку вместе», Научно-образовательная колонна.
 
Собравшиеся учредили Совет научных сообществ. На своем первом заседании Совет создал Комиссию общественного контроля за ходом и результатами реформ в сфере науки (далее — Комиссия) в составе координаторов рабочих групп и секретариата. В секретариат Комиссии вошли В. Е. Захаров, В. П. Калинушкин, А. П. Кулешов, В. А.Рубаков, А. А. Сафонов.

Учреждение Совета научных сообществ и создание Комиссии поддержано Президиумом Российской академии наук. В работе Совета будут принимать участие представители Президиума РАН (с совещательным голосом).

Основные задачи Комиссии:
  1. Ведение хроники преобразований в институтах, подведомственных РАН до вступления в силу закона № 253-ФЗ; информирование общества о ходе и результатах этих преобразований; мониторинг соблюдения демократических процедур в институтах.
  2. Оценка эффективности научных коллективов на основе профессиональных критериев. Анализ принципов и практики кадрового отбора научных администраторов.
  3. Анализ и оценка нормативно-правовых актов, инструкций и иных документов, имеющих отношение к сфере науки.
  4. Обеспечение юридической поддержки научных сотрудников, лабораторий и институтов в связи с проводимой реформой. Квалификационные оценки случаев нарушения профессиональной этики.
  5. Организация мероприятий, связанных с информированием общества о ходе и результатах преобразований в сфере науки и выражением отношения к ним.
Комиссия начинает работу со дня учреждения и будет прилагать все усилия для решения поставленных задач. В связи с этим Комиссия считает необходимым требовать предоставления ей проектов законов, подзаконных актов и иной нормативно-правовой документации, относящихся к реорганизации РАН и другим преобразованиям в сфере науки, для проведения их общественного обсуждения.