18 ноября 2013 Президент РАН В.Е. Фортов издал распоряжение, согласно которому на Ленинском 32а, разместится Федеральное агентство научных организаций (ФАНО). В связи с этим многочисленным институтам, учреждениям и организациям РАН, полностью или частично размещающимся в этом здании, надлежит до 30 декабря освободить или оптимизировать используемые ими площади. Список институтов, учреждений и организаций РАН, подлежащих «уплотнению» с указанием изымаемых у них площадей (около 3000 кв. м) находится здесь. Например, институт теоретической физики им. Ландау выселяют в Черноголовку, так как именно там находится его "другая территория", на которую предписано переселиться, хотя более половины его сотрудников живёт в Москве.

5 ноября в Нижнем Новгороде прошел очередной митинг против новой реформы Российской академии наук. Нижегородские ученые собрались на площади Маркина. Лозунг дня: «Им нужны здания – нам нужны знания». Источник.

14 сентября 2013 года начат сбор подписей под «Обращением российских учёных к высшим руководителям РФ» по поводу нарушений научной этики в диссертациях 25 депутатов Госдумы. Обращение со списком первых 846 подписей кандидатов и докторов наук отправлено адресатам – Президенту РФ, В. В. Путину, председателю Правительства РФ, Д. А. Медведеву, и председателю Государственной Думы, С. Е, Нарышкину. Позднее список увеличился до 1150 человек, среди которых члены РАН, Общественного совета и Совета по науке при Минобрнауки, получатели «мегагрантов» и другие известные учёные. Новые подписи продолжают поступать. Обращение вызвало реакцию СМИ, всех трех ветвей государственной власти и прокуратуры.

Один из самых ярких брендов российской и советской науки, созданный еще в 1918 г. «Государственный оптический институт им. С.И. Вавилова» накануне его 95-летия собираются переименовать в ОАО «Швабе – Наука». Об этом 5 июля 2013 г. сообщил его нынешний владелец «ОАО Швабе». Против переименования намерения выступают коллектив и профсоюз института.

1 июля 2013 года подготовленный без публичного обсуждения законопроект о реформе Российской академии наук (РАН), выводящий научные институты из под  управления РАН и, таким образом, превращающий ее в клуб ученых, был внесен на рассмотрение Государственной Думы РФ; 5 июля он оказался принят уже в двух чтениях. Центральные положения этого законопроекта, а также методы его продвижения вызвали крайне негативную реакцию в российском научном сообществе. Тем не менее, уже 18 сентября законопроект был принят в окончательном третьем чтении, 27 сентября - подписан Президентом РФ, 30 сентября - опубликован в Российской газете и вступил в силу.
 
28 сентября 2013 г. на встрече ученых РАН с депутатами Государственной Думы академик РАН В. А. Рубаков объявил о решении Оргкомитета Конференции научных работников РАН создать комиссию общественного контроля за преобразованиями в институтах Российской академии наук.
 
8 октября 2013 г. на совместном заседании представителей научных сообществ Комиссия общественного котроля за ходом и результатами реформ в сфере науки была учреждена. На приглашение Оргкомитета Конференции откликнулись: Клуб «1 июля», Профсоюз работников РАН, Совет молодых ученых РАН, Общество научных работников, Общественный совет и Совет по науке при Минобрнауки РФ, Санкт-Петербургский союз ученых, Российский координационный комитет профсоюзных организаций научных учреждений «РКК–НАУКА», Общественное движение «Сохраним науку вместе», Научно-образовательная колонна.
 
Основные задачи Комиссии:
  1. Ведение хроники преобразований в институтах, подведомственных РАН до вступления в силу закона № 253-ФЗ; информирование общества о ходе и результатах этих преобразований; мониторинг соблюдения демократических процедур в институтах.
  2. Оценка эффективности научных коллективов на основе профессиональных критериев. Анализ принципов и практики кадрового отбора научных администраторов.
  3. Анализ и оценка нормативно-правовых актов, инструкций и иных документов, имеющих отношение к сфере науки.
  4. Обеспечение юридической поддержки научных сотрудников, лабораторий и институтов в связи с проводимой реформой. Квалификационные оценки случаев нарушения профессиональной этики.
  5. Организация мероприятий, связанных с информированием общества о ходе и результатах преобразований в сфере науки и выражением отношения к ним.