Комиссия состоит из секретариата и пяти рабочих групп:

  1. Информационная группа. В ее задачи входит: ведение хроники преобразований в институтах, подведомственных РАН до вступления в силу закона № 253-ФЗ; информирование общества о ходе и результатах этих преобразований; мониторинг соблюдения демократических процедур в институтах.

  2. Группа оценки научной эффективности. В ее задачи входят: оценка эффективности научных коллективов на основе профессиональных критериев и анализ принципов и практики кадрового отбора научных администраторов.

  3. Группа оценки нормативно-правовых актов. В ее задачи входят: анализ и оценка нормативно-правовых актов, инструкций и иных документов, имеющих отношение к сфере деятельности Комиссии.

  4. Группа юридической поддержки. В ее задачи входят: обеспечение юридической поддержки научных сотрудников, лабораторий и институтов в связи с проводимой реформой; квалификационные оценки случаев нарушения профессиональной этики.

  5. Группа коммуникаций. В ее задачи входит: организация мероприятий, связанных с информированием общества о ходе и результатах преобразований в сфере науки и выражением отношения к ним.